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St_Hakky’s blog

心理学/人事/就活/留学/データサイエンス/バイオインフォマティクス/日頃思ったことについて書きます。

MacへのRstanのインストール

Mac stan データサイエンス

以下の本を読んでいます。

この本では、OSがwindows対象なので、Macとの差分を書いて行こうかと。あと、余力があればPythonでstanを用いた場合のコードとかも書いていく。

インストール方法は、すぐに廃れてしまいますが、以下のような感じで行うというのをメモ。

○Prerequisites

・R version 3.0.2 or later
→Rの3.2.0以下のバージョンでは、一部動作しないらしいので、3.2.0以上を入れるのが良さそう。

・Toolchain
C++ compiler and GNU-compatible versionをインストールする必要があります。これは、Xcodeをインストールしていればおっけー。

○RStanのインストール

以下のコマンドを叩くだけです。

# note: omit the 's' in 'https' if you cannot handle https downloads
install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies=TRUE)

もし失敗したら、こっちを試してください。

install.packages("rstan", type = "source")

○確認

インストールが終了したら、Rを再起動して、以下のコマンドからstanが実行できているかを確認しましょう。

fx <- inline::cxxfunction( signature(x = "integer", y = "numeric" ) , '
    return ScalarReal( INTEGER(x)[0] * REAL(y)[0] ) ;
' )
fx( 2L, 5 ) # should be 10

10が帰ってきたら、正常にインストールされていると思います。

インストールできました。早速使っていくか。

○参考サイト

github.com