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St_Hakky’s blog

心理学/人事/就活/留学/データサイエンス/バイオインフォマティクス/日頃思ったことについて書きます。

Rでグラフィカルモデル(ベイジアンネットワーク)を行う際に使うパッケージまとめ

こんにちは。Rでグラフィカルモデル(主にベイジアンネットワーク)を行う際に使うパッケージについてまとめておきます。基本的には、おそらく次の3つのRのパッケージで大丈夫かなぁと思います。他にもあればぜひ教えてください。・bnlearn ・deal ・catnet ○b…

GO(Gene Ontology)とは

こんにちは。いろいろ知識が増えて来たので、せっかくなのでまとめておきます。 ○GOとは GO は gene ontology のことであり、遺伝子の生物的プロセス、細胞の構成要素および分子機能に着目して、遺伝子に付けられるアノテーションです。ある遺伝子に付けられ…

評価方法・評価指標についてまとめる(随時更新)

こんばんは。毎回なんだっけなーとなる評価指標についてまとめます。また、英語の文献だけならいいんですが、日本語でたまに言われると面食らうので、それについてもまとめます。 ○混同行列 少しこの評価指標全般について話す前に、混同行列について書きます…

KEGGをRから使って可視化までさせてみる - KEGGgraph

今研究関係の論文を読んでいるんですが、KEGGとか色々出てきていてそういえば一度もまとめたことがないなぁということで、まとめます。 ○KEGGとは KEGGは、端的にいうとバイオインフォマティクス研究用のデータベースです。 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Gen…